Els òrgans de govern i de gestió de la societat són la Junta General, el Consell d'Administració i la Gerència. La Junta General està integrada pels dos socis al 50% que son l’Ajuntament de Badalona i l’Administració de la Generalitat de Catalunya, que es representen en aquesta pels seus corresponents representants legals designats i està presidida per l'alcalde de Badalona, Sr Rubén Guijarro. El Consell d'Administració està integrat per catorze persones (set en representació de l’Ajuntament de Badalona i set en representació de l’Administració de la Generalitat), es presidit per l'Alcalde i es designen un Vicepresident 1er en representació de l’Administració de la Generalitat i un Vicepresident 2n en representació de l’Ajuntament. El Consell d'Administració, pot optar per nomenar, d’entre els seus membres, un o més consellers delegats, responsabilitat que és per a cinc anys, renovable una o més vegades per un període d'igual durada. Actualment la figura del Conseller Delegat no existeix. La gestió recau en la Gerència. El Sr Imanol Sanz és gerent de Marina Badalona des de l'1 de febrer de 2013.